A klórdioxid azon kevés biocidek egyike, amely hatásos és eredményes a biofilm elleni védelemben és annak eltávolítása során is.
A klórdioxid azért jobb fertőtlenítő mint a klór, mert a klórdioxid hatékony a biofilm elleni védelemben és annak eltávolításában. A klór és a nátrium hipoklorit nem képes a biofilm ellen olyan hatékonyan fellépni illetve eltávolítani azt, mint a klórdioxid, mert a klór nehezen hatol át a biofilmen, továbbá a maradvány klórral reakcióba lépő vagy klór igényt kialakító biofilm szerves tartalma a klórt vagy hipokloritot kevésbé hatékonnyá teszi a biofilmmel azonosított organizmusok elpusztításában. A klórdioxid oldott klórdioxid gáz és képes áthatolni a biofilmben lévő baktériumokat védő nyálkás rétegen. Mivel erőteljes oxidálószer, „feloldja” a nyálkás réteget és elpusztítja a védtelen baktériumot.