A klór számos klórozott szerves mellékterméket hoz létre, beleértve a trihalometánt (THM), halogénessavat (HAA) és mutagén X. Ezek mérgezőek és az ember számára károsak. A THM, HAA és MX összefüggésben van a rákkal, vetéléssel, halvaszüléssel és születési rendellenességekkel.
A klóramin egyik legfőbb előnye a klórral szemben, hogy használata csökkenti ezeknek az szabályozott szennyeződéseknek a szintjét. A klóramin általában kisebb mennyiségű THM-et HAA-t eredményez, mint a klór. Azonban ha a klóramint másodlagos fertőtlenítőnek használjuk, úgy a víz elsőleges klórozása során THM és HAA fog keletkezni, ha van szerves anyag a vízben.
A klóraminok N-nitrozodimetilamint (NDMA) is létrehoznak, olyan nitrózamint, amelyet mint lehetséges human karcinogént azonosítottak, valamint cianogén-kloridot (CNCl) amely gyorsan cianiddá metabolizálódik a szervezetben. További melléktermékek, melyek kialakulhatnak a haloketonok, klórpikrin vagy nitrokloroform, halogénnitrilek, aldehidek és klorofenolok.
Köztudott, hogy a hidrazin a monokloramin és az ammónia közötti reakció eredményeként jön létre. A hidrazin erős karcinogén és az EPA besorolása szerint lehetséges humán karcinogén, melynek kockázati szintje 10-6 10 ng/L ivóvízben.
A klórdioxid nem hoz létre THM-t vagy HAA-t. A klórdioxid által generált fertőtlenítési melléktermékekre vonatkozó legfőbb lehetséges aggály valószínűleg a klorit és a klorát kialakulása. A létrejövő klorit és klorát mennyisége a felhasznált klórdioxid oldat eredeti tisztaságától és az alkalmazott töménységtől függ, amely összefüggésben áll az oldat erősségével és a cél klórdioxid visszamaradt anyaggal.
Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) szabályzata az ivóvízben található összes maximális klorit és klorát koncentrációt 0,7 ppm-ben határozza meg. Az ivóvizek TwinOxide® 0,3%-os klórdioxid oldattal történő fertőtlenítése jóval alacsonyabb, mint a WHO klorit és klorát koncentrációra vonatkozó előírásai és korlátozásai.